Huyện Bến Cầu nằm ở phía nam tỉnh Tây Ninh, có vị trí địa lý:

• Phía bắc giáp huyện Châu Thành
• Phía đông là huyện Gò Dầu
• Phía nam là thị xã Trảng Bàng
• Phía tây và tây nam giáp Campuchia.

Huyện lỵ là thị trấn Bến Cầu nằm trên tỉnh lộ 786, cách Thành phố Tây Ninh khoảng 30 km về hướng nam, và cửa khẩu quốc tế Mộc Bài khoảng 6 km về hướng bắc. Sông Vàm Cỏ Đông chảy vào địa phận Bến Cầu tại xã Long Chữ, chảy theo rìa phía đông của xã Tiên Thuận, Lợi Thuận, An Thạnh rồi chảy qua huyện Trảng Bàng về Long An. Các chi lưu sông Vàm Cỏ Đông trên địa bàn huyện như rạch Gò Suối, rạch Xóm Khách, Rạch Bảo... vừa là dòng chảy dẫn nước trong vùng, vừa làm ranh giới tự nhiên của một số xã trong huyện.